Penjaminan mutu Univet Bantara Sukoharjo melekat pada struktur organisasi Univet Bantara Sukoharjo dan berada pada seluruh tingkatan yaitu, tingkatan universitas, fakultas dan program studi/bagian. Untuk membantu pelaksanaan penjaminan mutu maka dibentuk Badan Penjaminan Mutu Internal (BPMI) pada tingkat universitas, Unit Penjaminan Mutu Internal (UPMI) pada tingkat fakultas, dan Gugus Pengendali Mutu Internal (GPMI) pada tingkat program studi.

Secara skematis struktur organisasi penjaminan mutu Univet Bantara Sukoharjo tampak pada bagan